Съгласно Закона за защитените територии опазването на Национален парк “Рила” е възложено на Дирекция. Тя е специализиран регионален орган, пряко подчинен на Министерството на околната среда и водите. Функциите и структурата й са определени в Правилника за устройството и дейността на дирекциите на националните паркове. Функционирането на Дирекцията цели опазване и поддържане на биологичното разнообразие и защита на дивата природа, предоставяне на възможности за научни и образователни дейности, за развитието на туризъм и за екологосъобразен поминък на местното население.

Дирекцията управлява Парка, като спазва българското екологично законодателство и международните конвенции, по които България е страна. Служителите на Дирекцията контролират и координират дейностите на всички организации, институции, природозащитници и ползватели на Парка. Извършват наблюдения върху растителния и животински свят в Парка. Оказват съдействие на посетителите, грижат се за тяхната безопасност, предотвратяват нарушения.

Цялостното управление на Парка се извършва на основата на План за управление. Той е приет от Министерски съвет след обществено обсъждане и преглед от Висш експертен съвет към Министерство на околната среда и водите. Документът обхваща периода от 2001 г. до 2010 г. и в него се описва ценността на биологичното разнообразие, конкретните заплахи за него и начини на съхраняването му. Отделно от Плана за управление, Дирекцията на Парка изготвя и прилага годишни планове, които се одобряват от Министерството на околната среда и водите.

С цел по-добро управление, Паркът е разделен на зони. За всяка една от тях са определени специални режими и норми, позволени и забранени дейности. Зоните са създадени с цел опазване на природните и културни ценности на Национален парк “Рила”. Планът за управление се прилага от Дирекцията в партньорство с държавни ведомства, местни власти, неправителствени организации, образователни, културни и научни институции.

Дирекцията на Национален парк “Рила” се финансира от: държавния бюджет, Предприятието за управление на дейностите по опазване на околната среда, Националния доверителен екофонд, предоставени целеви средства от други финансиращи институции и дарения за дейности, свързани с опазване на биологичното разнообразие, управлението и контрола на Парка.

Средствата от държавния бюджет са предназначени за издръжка на Дирекцията и всяка година се одобряват от министъра на околната среда и водите. Средствата от Предприятието за управление на дейностите по опазване на околната среда са предназначени за подпомагане на дейностите в Парка.

За финансиране изпълнението на предвидените в Плана за управление програми и проекти може да се кандидатства и пред български и международни организации.