По стръмните скали, по планинските поляни и гори на Национален парк “Рила”се срещат около 1 400 вида висши растения; 282 вида мъхове, 130 вида сладководни водорасли.

Висшите растения
Най-многобройна е групата на висшите растения. Те представляват 38,35% от флората на страната. Най-красивите от тях – рилската иглика, павловското шапиче, рилският ревен, янкиевият крем са български или балкански ендемити (видове с ограничено географско разпространение). Общият брой на ендемични видове е 57. Локални ендемити са 3 вида: рилска иглика, павловско шапиче и рилски ревен. С най-широко разпространение в Парка е рилската иглика. Българските ендемити са 18 вида, а балканските ендемити са 36 вида. Множество видове от крайезерната и скална флора са преживели заледяванията. Тук се е формирала голяма група предимно глациални реликти (от ледниковия период). Общият брой на реликтите на територията на Парка е 105.

Национален парк “Рила” е “обетована земя” за редки и застрашени растения. Така от видовете висши растения, установени на територията на Парка, в Червената книга на България са отбелязани 98 вида: 8 застрашени и 90 редки или около 13% от всички видове в Червената книга. Защитени от закона са 42 вида или 10,79% от всички защитени от закона видове. Този факт показва голямата консервационна значимост на парковата територия.

Значимостта на тази територия може да бъде измерена и в континентален (европейски) мащаб. Малко са местата, където в червения списък на Международния съюз за защита на природата (IUCN) са записани 9 вида, срещащи се на територията на парка; в Европейския списък (E/ECE/1249) – 6 вида; в Бернската конвенция са отбелязани 7 вида. В Директива 92/43 на Европейската икономическа общност за опазване на природните местообитания и на дивата флора и фауна са отбелязани 5 вида. В списъка на Конвенцията за международна търговия със застрашени видове (CITES) са отбелязани 5 вида. Ограничаването на търговската дейност с последните видове се отразява особено благоприятно върху растителното разнообразие.

Мъхове
Поради наличието на изобилна влага Национален парк “Рила” е “царството на мъховете”. До настоящия момент са известни 282 вида мъхове от всички екологични групи. Те представляват 41% от българската мъхова флора на видово ниво и 62% от семействата, които се срещат у нас. Макар и да не се различават много лесно, специалистите са установили, че природозащитно значимите са 42 вида.

Сладководни водорасли
Бистрите студени води на планинските езера (Бъбрека, Сълзата, Окото) крият невидимото с просто око богатство на сладководните водорасли. Общото видово богатство е около 130 вида. Водорасловата флора е с глациален произход. Най-голям брой видове се срещат в субалпийския пояс в езерата и изтичащите от тях потоци. Застрашени са 5, чието разпространение е ограничено само в едно или две езера. Посочените по-горе факти допринасят за увеличаване на стойността на територията като генен басейн опазващ различни растителни групи.

Растителни съобщества (фитоценози)
В Национален парк “Рила” се намира най-високия връх на Балканския полуостров – вр. Мусала (2925 м). Структурата на планината и географското й положение са предпоставката, която определя наличието на 4 растителни пояса: буков (представен частично), иглолистен горски, субалпийски и алпийски. В състава им участват дървесни, храстови и тревни съобщества. Горската растителност е представена главно от фитоценози на иглолистни видове. В субалпийския пояс широко разпространение имат иглолистните храсталаци на клека, които са основна коренна растителност на пояса. В алпийския пояс са разпространени тревни фитоценози с незначително участие на малките храсти като синята боровинка и тревистата върба. Така, както има ендемични и редки растителни видове, така има ендемични и редки растителни съобщества като тези на виолетовата метлица и аметистовата метлица, рилския ревен и др.

Растителността на Парка се отнася към Рило-Родопския подрайон на Илирийската провинция на Европейската широколистна област.

Разнообразие от местообитания
Разнообразието на видовия състав, разнообразието от растителни съобщества е пряка функция от разнообразието от екологични фактори, определящи условията на живот. Така в резултат на прилагането на системата CORINE (методология за описание на местообитания, създадена в рамките на Проекта на Комисията на Европейския съюз CORINE BIOTOPS) е установено, че на територията на Национален парк “Рила” очите дори на неспециалиста ще разграничат 60 местообитания от планински и високопланински тип на тази относително малка територия. Това са около 15% от всички хабитати установени в България - едно незаменимо богатство не само за биолозите, но и за всички посетители.

По консервационна значимост те се отнасят към три групи:

• Резолюция № 4 (06.12.1996 на Европейската общност) - застрашени природни местообитания изискващи специфични консервационни мерки - 11;
• хабитати по Приложение № 1 на Директива 92/43 от 21.05.1992 г. на Съвета на Европейската Общност - 18;
• хабитати, включени в Резолюция № 4 и Директива 92/43 - 11. 51,66% от хабитатите имат консервационен статус. Разнообразието на хабитати предопределя важното място на Парка в европейската екологична мрежа “Натура 2000”.

Бяха установени и хабитати, които нямат аналози в системата CORINE и не са включени в различните групи. Типичен пример в това отношение е хабитатът на рилската иглика, обитаваща местата на стопените преспи, крайпоточните брегове и торфестите места. Този хабитат се среща само в Рила планина.