Световно значение

• Формообразувателно огнище за ендемичната флора;
• Формообразувателно огнище за ендемичната безгръбначна фауна; 
• Място за размножаване на значителен брой таксони със световен консервационен статус: 24 световно застрашени вида гръбначни, 13 вида безгръбначни, 10 вида растения;
• Една от най-представителните в света екосистеми от смърч и ела, в съчетание с ендемичната бяла мура.

Европейско значение

• Паркът е важна част от екологичен коридор, свързващ европейската, средиземноморската и предноазиатската флора и фауна;
• Паркът съдържа изключително незасегнати екосистеми. Това е особено характерно за горските екосистеми - около 94,8% от горите са естествени по произход;
• Най-голямата площ на защитени вековни иглолистни гори и свързаните с тях флористични и фаунистични групировки;
• Висока степен на хабитатно разнообразие (71 различни типа), представляващо 11% от общия Европейски списък на хабитатите по класификацията на местообитанията CORINE(CORINE – методология за описание на местообитания създадена в рамките на Проекта на Комисията на Европейския съюз CORINE BIOTOPS.); 
• Важно убежище за популациите на безгръбначни животни, едри бозайници, птици, прилепи;
• Една от териториите с жизнени популации от хищни птици (15 вида);
• Високо процентно участие на бяла мура (балкански ендемит), достигащо 11,6% от състава на горските ескосистеми;
• Едни от най-представителните клекови екосистеми (37% от залесената площ на парка) на европейска територия;
• Изключително разнообразие на растителните комплекси, представени в растителни пояси (вертикална зоналност).

Национално значение

• Тук се формира значителна част от водния ресурс на страната;
• Един от най-значимите водосбори в България, който осигурява вода за столицата - гр. София и за населението в Гърция и Турция;
• Най-значимите находища за пет фитоценози с консервационно значение;
• Най-голямата високопланинска популация на лалугера в България;
• Най-голямата популация на балканска дива коза в България;
• Едно от двете в България гнездови находища на малката кукумявка;
• Едно от четирите находища на алпийски тритон в България;
• Една от най-важните защитени територии за опазване на българските популации на глухаря;
• Важно убежище и местообитание на златката;
• Най-високите смърчови дървета (над 60 м) в България;
• Изобилие на високопланински торфени сфагнови блата;
• Значим природозащитен резервоар, в който се съхраняват 45% от растенията, 80% от безгръбначните, 80% от глациалната езерна флора и фауна, срещащи се в България.

Значение на ландшафта

• В Рила са развити всички елементи на алпийския релеф, за разлика от останалите български планини;
• Едни от най-впечатляващите и красиви пейзажи, предлагащи уникални езерни елементи, включително Седемте езера, Маричини езера, Урдини езера (общо 120 постоянни);
• В Национален парк “Рила” съществуват най-добре представени постглациални форми на релефа в България. Пейзажът, релефът и особените физически форми са уникални за страната;
• Едни от най-високо разположените езера в България (Леденото езеро под вр. Мусала на 2 709 м. надморска височина);
• Най-дълбока езерна чаша на високопланинско езеро в България (Окото - 37,5 м);
• Специфичен ландшафт, определен от присъствието на най-голям брой глациални езера на такава територия в България;
• На територията на Национален парк “Рила” има над 40 върха, високи над 2 000 м, както и най-високият връх на Балканския полуостров – Мусала (2 925 м. надморска височина).

Значение за системата от защитени територии

• Една от най-големите защитени територии ІІ-ра категория по Световния съюз за защита на природата (IUCN) в Европа.
• Едно от най-значимите места на световно застрашени видове растения и животни (царски орел, ливаден дърдавец, лалугер и др.);
• Потенциален основен елемент от общоевропейската екологична мрежа NATURA 2000 (НАТУРА 2000 е Европейска екологична мрежа, която включва ключови територии за опазване на видовете и местообитанията. Изискванията за нейното създаване са залегнали в Директива 92/43 на ЕС за опазване на природните местообитания и дивата флора и фауна. ); 
• Включва един от най-старите резервати в България (Биосферен резерват “Парангалица”, обявен през 1933 г.);
• Национален парк “Рила” включва най-големия природен резерват в страната (“Централен Рилски резерват” – 12 393 ха);
• Най-големият национален парк в България; • Една от трите най-значими защитени територии в България;
• Тази защитена територия дава възможност за прилагане на редица от най-важните природозащитни конвенции, по които България е страна (Бернската конвенция, Европейската Директива 92/43 и др.).

Историческо и културно значение